Bonaire heeft in 2010 gekozen voor een directe band met Nederland. Deze keuze heeft geleid tot een structuur waarbinnen het eiland Bonaire, net als St. Eustatius en Saba, een Openbaar Lichaam van Nederland vormt. Dit betekent dat de structuur van het eiland gelijk is aan een gemeente in Nederland, maar dat wetten en regelgeving afwijkt van de regelgeving in Nederland. Zo kan de Nederlandse wetgever recht doen aan de specifieke omstandigheden waarmee het eiland te maken heeft. Daarnaast kent Bonaire geen toezicht door een Provincie, voor Bonaire neemt de Rijksvertegenwoordiger deze taken voor zijn rekening. Het financieel toezicht voor Bonaire vindt plaats door het College Financieel Toezicht dat op Curaçao is gevestigd. Zij keuren begroting, jaarrekening en wijzigingen goed. Deze structuur is vastgelegd in de Wet Openbare Lichamen Bonare, St. Eustatius en Saba en de Wet financiën openbare lichamen Bonaire, Sint Eustatius en Saba. 

Lokale overheid

Het Openbaar Lichaam Bonaire (OLB) kent dezelfde structuur als een gemeente in Nederland. Het hoogste orgaan van het OLB is de Eilandsraad. Deze raad bestaat uit 9 leden die om de vier jaar worden gekozen door rechtstreekse verkiezingen door de bevolking van Bonaire. De termijn loopt gelijk met de Provinciale verkiezingen in Nederland omdat er op de wijze ook gekozen kan worden voor de Eerste Kamer in Nederland. Na onderhandelingen vormen de partijen een Bestuurscollege. Hierin hebben de gedeputeerden zitting. De wet heeft vastgelegd dat dit er in Bonaire niet meer of minder dan 3 kunnen zijn. Naast de gedeputeerden heeft de Gezaghebber zitting in het Bestuurscollege. Hij is belast met de veiligheid en openbare orde, het voorzitten van het Bestuurscollege en het voorzitten van de Eilandsraad. Verder kent het OLB een eilandsecretaris die het hoofd vormt van de ambtelijke organisatie en het Bestuurscollege adviseert, voorbereidt en notuleert. Het ambtenarenapparaat is verdeeld in verschillende directies. Voor de ondernemers is de Directie Ruimte en Ontwikkeling van belang, hierin bevindt zich de economische afdeling en de afdeling die bouwvergunningen beoordeeld. Verder is er een Directie Handhaving en Toezicht die belast is met de handhaving van verschillende wetten en regelingen, onder meer de horeca regelgeving. Daarnaast is er een Directie Samenleving en Zorg en een Directie Bedrijfsvoering en Ondersteuning. 

Rijksoverheid

De Rijksoverheid heeft vanuit de verschillende ministeries hun taken en bevoegdheden op het eiland. Sommige ministeries hebben een uitgebreide uitvoeringsorganisatie op het eiland. Dit geldt voor het Ministerie van Financiën (Belastingdienst Caribisch Nederland), het Ministerie van VWS (Zorgverzekeringskantoor) en het Ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid (Unit-SZW Caribisch Nederland). Andere ministerie hebben een liaison op Bonaire gestationeerd om uitvoering te geven aan het beleid van het ministerie. Daarnaast heeft de Rijksvertegenwoordiger naast zijn toezichthoudende rollen ook een rol om de samenwerking tussen de diverse ministeries onderling en de lokale overheid beter te laten samenwerken.